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连作障害是由下列一种或几种原因造成的：作物根系分泌的有害物质逐年在土壤中积累之后，就会对其产生毒害作用；连作下会使同种或同类作物的土传病害的病原菌在土壤中越积越多；同一种作物往往具有相同的根系和偏爱某一两种微量元素，连续的吸收就会造成在这一土层出现缺乏营养，从而导致生长异常；同一种作物根系的分泌物相同，在这种分泌物下，有些土壤微生物就可能大量繁衍，有些可能被压制，土壤微生物群落的异化会导致土壤性能的变化。